SMPIQu Al Bahjah sebagai jawaban atas kebutuhan para orang tua yang menginginkan anaknya belajar di sekolah formal namun tidak meninggalkan pelajaran agama terutama Al Quran. Oleh karena itu, SMPIQu menjadikan Al Quran sebagai pritoritas utama dalam proses pembelajarannya. Disamping itu, akhlak menjadi prioritas pada semua lembaga pendidikan yang berada di lingkungan pondok  pesantren Al Bahjah. Sehingga dalam kesehariannya, para santri dan guru terbiasa berakhlak yang baik sebagai upaya mengikuti dan meneladani akhlak Rasulullah Muhammad SAW.